ในวันที่ 27 กันยายน พ.ศ. 2548 หนังสือพิมพ์ ผู้จัดการรายวัน ได้ตีพิมพ์การเทศนาของพระธรรมวิสุทธิมงคล ซึ่งมีเนื้อหาวิพากษ์วิจารณ์พันตำรวจโททักษิณ อย่างหนัก และมีเนื้อหาส่วนหนึ่งได้กล่าวถึงพันตำรวจโททักษิณว่ามีการใช้อำนาจ "...มุ่งหน้าต่อประธานาธิบดีชัดเจนแล้วเดี๋ยวนี้ พระมหากษัตริย์เหยียบลง ศาสนาเหยียบลง ชาติเหยียบลง..."[34] ทำให้เกิดหัวข้อโต้เถียงกันเป็นวงกว้าง ต่อมา พันตำรวจโททักษิณได้ฟ้องร้องหนังสือพิมพ์ ผู้จัดการ เป็นเงินกว่า 500 ล้านบาท แต่ไม่ได้ฟ้องร้องพระธรรมวิสุทธิมงคล

และเมื่อวันที่ 14 มีนาคม พ.ศ. 2549 พระธรรมวิสุทธิมงคลได้แนะนำให้พันตำรวจโททักษิณ ลาออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีอีกครั้งหนึ่ง และในการเทศนา ท่านได้อธิบายถึงรัฐบาลว่า "เลวทราม ฉ้อราษฎร์บังหลวง กระหายอำนาจและโลภ"[35]